Спустя два года после устроенной карательной операции на кафе «Антейку» исчезает Кен Кенеки, но возвращается в качестве Хайсе Сасаки – следователя по гулям первого класса. Он также является наставником отряда Куинксов – проблемные подростки, в которых были вживлены клетки гулей: умный парень Мицуки Тору, тихий и смертоносный Урике Куки, вспыльчивый, но добродушный Ширазу Гиньши.
Новичков берут в ряды армии CCG и отправляют на новое задание: полностью уничтожить естественных врагов всего человечества, которыми являются параллельно сосуществующие с людьми устрашающие существа, известные всем как «гули». Ситуация усложняется ещё и тем, что эти чудовища скрываются в облике обычных людей, продолжая убивать жителей Токио.
В очередном сражении с гулем по кличке «Змея» у Хайсе Сасаки возникают непонятные картинки в голове, на которых ему всё время мерещится беловолосый парень с устрашающим красным глазом. Поймёт ли в итоге Хайсе, что означают эти видения, и сможет ли отряд Куинксов окончательно одолеть ненавистных гулей?